Sejarah Kantor Urusan Agama (KUA) Kec. Cilegon tidak terlepas dengan Wilayah Geografis Cilegon itu sendiri, dimana Cilegon merupakan wilayah bekas Kewedanaan (Wilayah kerja pembantu Bupati KDH Serang Wilayah Cilegon), yang meliputi 3 (tiga) Kecamatan yaitu Cilegon, Bojonegara dan Pulomerak.
Berdasarkan Pasal 27 Ayat (4) UU No 5 tahun 1974 tentang Pokok Pokok Pemerintahan di Daerah, Cilegon kiranya sudah memenuhi persyaratan untuk dibentuk menjadi Kota Administratif. Melalui surat Bupati KDH Serang No. 86/Sek/Bapp/VII/84 tentang usulan pembentukan administratif Cilegon dan atas pertimbangan yang obyektif maka dikeluarkan Peraturan Pemerintah No. 40 tahun 1986, tentang pembentukan Kota Administratif Cilegon dengan luas wilayah 17.550 Ha yang meliputi 3 (tiga) wilayah Kecamatan meliputi Pulomerak, Ciwandan, Cilegon dan 1 Perwakilan kecamatan Cilegon di Cibeber ,sedangkan kecamatan Bojonegara masuk Wilayah kerja pembantu Bupati KDH Serang Wilayah Kramatwatu.
Berdasarkan PP No. 3 Tahun 1992 tertanggal 7 Februari 1992 tentang Penetapan Perwakilan Kecamatan Cibeber, Kota Administratif Cilegon bertambah menjadi 4 (empat) Kecamatan yaitu Pulomerak, Ciwandan, Cilegon dan Cibeber.
Dan Kantor Urusan Agama (KUA) Kec. Cilegon Salah satu dari lembaga pemerintah kewedanaan yang mengalami perubahan letak dan kedudukan sebagaimana perubahan status administrasi kota tersebut, berpindah tempat dan keduduakan kantor yang semulanya di kawasan kewedanaan (sekarang Rumah Dinas Wali Kota Cilegon) ke kawasan pusat Pemerintahan Kecamatan Cilegon di kelurahan Ciwaduk.
KEPALA KUA KEC. CILEGON DARI MASA KE MASA
1. H. SIBLI CHARIRI Dari tahun 1956 – 1957 Masehi
2. KH. Tb. MOCH. WASI’ ZIEN Dari tahun 1958 – 1968 Masehi
3. KH. A. NAJIULLAH LATIFI Dari tahun 1969 – 1979 Masehi
4. KH. Tb. FUAD SM Dari tahun 1980 – 1984 Masehi
5. A. KHATIB JALIL Dari tahun 1985 – 1991 Masehi
6. Drs. KHOLIL MUSLIM Dari tahun 1992 – 1994 Masehi
7. MUSA AS’AD Dari tahun 1995 – 1998 Masehi
8. KH. Tb. A. ABBAS MA’MUN Dari tahun 1999 – 2000 Masehi
9. Drs. H. A. SHOFWANI Tahun 2001 Masehi
10. Drs. H. M. IDRIS Tahun 2002 Masehi
11. Drs. HLILURROHMAN Dari tahun 2003 – 2006 Masehi
12. A. UZAIR ROHMAN, S. Ag, MM Dari tahun 2007 – Sekarang